После событий первой части прошло несколько лет. Супермен все так же спасает людей, Лоис воспитывает чудо-сына, а в небе болтается созданный Лексом Лютором Новый Криптон. Подобный образчик инопланетной технологии, разросшийся до размеров небольшой луны, не мог не привлечь внимание таинственного межзвездного странника.

Супермен встретил гостя, оказавшегося еще одним сыном Криптона. Кал-Эл показал ему свой дом - планету, страдающую от голода, войн и преступности. Узнав, что Супермен, при всей своей силе, не собирается изменять мир, пришелец решает построить на Земле Утопию. В доказательство своих намерений он остановил войну стран третьего мира. Криптонец объявил миру, что ради прекращения кровопролития передает людям знания Криптона, благодаря которым человечество победит голод и болезни.

Узнав, что обладая подобными знаниями, Супермен не сделал ничего ради их блага, люди проклинают его. Решая разобраться в мотивах криптонца, Кал-Эл отправляется на корабль пришельца, где находит тысячи его замороженных клонов. Проникнув в компьютерную систему корабля, Супермен узнает, что на самом деле пришельцем является эволюционировавший искусственный интеллект с Криптона, Брэйниак.

Со времен разрушения Криптона, вызванного Брэйниаком, он странствует по Вселенной в поисках разумной жизни. Он перенимает технологии иных миров, доводит развитие планет до идеала, чтобы затем разрушить их. Догадавшись, что подобное Брэйниак стремится сотворить и с Землей, Супермен пытается предупредить лидеров мира, но на его пути встает пришелец.

Кал-эл почти победил его, но Брэйниак успевает перенести свое сознание в тело одного из клонов. Супермен понимает, что вынужден уничтожить корабль вместе с хранилищем клонов, и, после масштабной битвы, ему это удается. Но перед смертью Брэйниак запускает поиск криптонца, способного вместить его разум. И он находит подходящего носителя в Джейсоне Уайте, сыне Супермена.

Технологии Брэйниака ускоренно старят ребенка, так что в распоряжении искусственного интеллекта тело взрослого криптонца. Понимая, что ради спасения планеты ему придется убить собственного сына, Супермен вступает в схватку...