А тогда кто тогда Марту обнимает?
Или просто Джонатан все это время в крепости заперт был?

Крис, это спойлер, из интервью продюсеров.
Peterson recalled how Clark spoke to Jonathan at the end of the Season 10 premiere and explained, "The whole point was to bookend the final season with Jonathan. So he's introduced [in the finale] in that same kind of way."

Кстати, что за Джонатан был тогда? Мне показалось, что Кларка тупо проглючило

Нат, это спойлер или твоя версия?

В финале будет тот же Джонатан, которого Кларк видел в 10.01 Lasarus.

А может, Джонатан прикольнулся со смертью?
чтобы на могилку к себе прийти.
Так многие делают

впрочем, в комиксах и не такое возможно.
они Бэтмена, Коннера, Оливера, Флешей и др аналогично вернули

Вот прикол, возвращается Джонатан из командировки, с того света, а Марта с Перри...
Классический анекдот

Разговаривает себе Кларк с могилой отца, а тут батц, отец со спины подходит и говорит: "Я вернулся, сын мой"

Почему у Джоната кент не умер,а живой?